表題の通りです．
LuaTeX-jaの使い方を参照してフォントのプリセット設定を行うと生じる現象のようです．フォントの設定を行っていない場合はきちんと表示されます．
使っている環境はMacTeX2013です．
- まずは欧文のみ，クラスファイルはarticleの場合
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathrsfs}
\begin{document}
$\mathit{\Delta}$, $\Delta$
$\mathit{\Psi}$, $\Psi$,
$A$, $\mathit{A}$, $I$, $\mathit{I}$,
$B$, $\mathit{B}$
\end{document}
ギリシャ文字のイタリック体もきちんと表示されています．アルファベットはイタリック体との違いが微妙ですね．
- 次に日本語+欧文で，クラスファイルはltjsarticleの場合
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathrsfs}
\begin{document}
あいうえお
$\mathit{\Delta}$, $\Delta$
$\mathit{\Psi}$, $\Psi$,
$A$, $\mathit{A}$, $I$, $\mathit{I}$,
$B$, $\mathit{B}$
\end{document}
ギリシャ文字のイタリック体は表示されていますが，埋め込まれていない和文フォントがゴシック体で表示されてしまいます．
- 最後にフォントの埋め込み設定を行った場合．クラスファイルはltjsarticleです．
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathrsfs}
\usepackage[hiragino-pro]{luatexja-preset}
\begin{document}
あいうえお
$\mathit{\Delta}$, $\Delta$
$\mathit{\Psi}$, $\Psi$,
$A$, $\mathit{A}$, $I$, $\mathit{I}$,
$B$, $\mathit{B}$
\end{document}
日本語のフォントはきちんと明朝体が表示されますが，ギリシャ文字のイタリック体が消えました．
この他にも，フォントのプリセット設定を行うと，文字の上にアクセント記号を付けるスタイルファイルであるaccents.styとアクセント記号の命令の幾つかが重複していてエラーが出ます(\acute, \grave, \check, \breve, \bar, \hat, \dot, \tilde, \ddot, \vec)．
また，いつもはplatexでタイプセットしている原稿をLuaTeX-jaでタイプセットしてみたときに，bxjacalcuxパッケージを使ってもzwに関連したエラーが出てしまいました．こちらについては原因がよくわかりませんでした．
